En el año 2000, el Grupo de Investigación en Informática Biomédica participó en la visualización de la secuencia genómica de la Drosophila melanogaster, aportando la aplicación informática "gff2ps", una herramienta de visualización para el análisis genómico. Este software fue desarrollado para la utilización en su propia investigación, pero al hacerse público a través de la web, y así fue conocido por Celera Genomics. La colaboración del IMIM, organismo público, es puramente científica y académica. En el mes de marzo se publicaron los resultados en la revista "Science".
En octubre el Grupo de Investigación en Informática Biomédica participó en la visualización de la secuencia del Genoma Humano, con la aplicación informática "gff2ps", ya utilizada por Celera Genomics en la visualización de la Drosophila melanogaster. En el caso del Genoma Humano se adaptó el programa debido a las dimensiones de este genoma. En febrero del 2001 se publicó en la revista "Science".
El presente del IMIM no se puede concebir sin su vinculación directa a los estudios de Ciencias de la Salud y de la Vida de la Universitat Pompeu Fabra. Unos estudios que ya se pusieron en marcha en espacios del propio edificio cedidos a la UPF. Un despliegue académico que comportó la creación del Departamento de Ciencias Experimentales y de la Salud (Dept. CEXS) de la UPF con la incorporación de nuevo profesorado altamente cualificado que formó nuevos grupos de investigación en el mismo entorno. Así, no sólo se compartían servicios generales y científico-técnicos sino que el entorno científico crecía anualmente con profesorado universitario experto en los ámbitos de la Señalización Intracelular y Regulación Génica, de la Genética y Genómica, y de la Biología Evolutiva, entre otros.
Entre las iniciativas académicas de la UPF en las que el IMIM participó muy directamente, destaca el programa de Doctorado en Ciencias de la Salud y de la Vida, unos estudios para la formación de personal investigador que destacan por su carácter multidisciplinar y que proveen tres itinerarios de especialización en los ámbitos de la investigación básica, la investigación clínica, y la investigación en Salud Pública.
También en el año 2000 se elaboró el Código de Buenas Prácticas Científicas que implicaba a los científicos de ambas instituciones (IMIM-IMAS y Departamento CEXS de la UPF) y que establecía unas "reglas de juego" que libremente y voluntariamente asumían los profesores e investigadores, no sólo para preservar la integridad de la investigación que efectuaban, sino para garantizar la máxima calidad y excelencia.
El 11 de abril del año 2000 se firma un convenio de colaboración conjunta entre el Ayuntamiento de Barcelona, los Departamentos de "Universitats, Recerca i Societat de la Informació" y de "Sanitat i Seguretat Social" de la Generalitat de Catalunya, la Universitat Pompeu Fabra y el IMAS, para la creación y puesta en marcha del Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB), un proyecto científico innovador que ambiciona convertir Barcelona en una de las grandes capitales de Investigación Biomédica de Europa.
El 23 de septiembre del 2000 la ministra de Ciencia y Tecnología, Anna Birulés, y el alcalde de Barcelona, Joan Clos, presiden el acto protocolario de inicio de las obras del nuevo edificio del PRBB que con una superficie de 28.000 m2 dispondrá de tecnologías avanzadas e instalaciones especialmente diseñadas para la investigación. El edificio, de una arquitectura singular, se está construyendo en el frente marítimo de la Barceloneta, al lado del Hospital del Mar.
El 22 de junio del año 2002 se constituye la Fundación Parc de Recerca Biomèdica por parte de las Fundaciones UPF, IMIM y CRG, después de un acuerdo previo entre las entidades superiores correspondientes. La FPRBB estaba presidida en ese momento por el "Conseller d'Universitats i Recerca" de la Generalitat de Catalunya, Sr. Andreu Mas-Colell que también era presidente de la Fundación CRG. Eran además miembros natos de su Patronato, la profesora Rosa Virós, rectora de la UPF y el Sr. José I. Cuervo, cuarto teniente de Alcalde del Ayuntamiento de Barcelona y presidente de la Fundación IMIM. Dirige la Fundación PRBB el Dr. Jordi Camí.
En junio de 2005 el Dr. Josep Mª Antó pasa a ser director del IMIM. A finales de este año se crea el Centro de Investigación en Epidemiología Ambiental (CREAL) una iniciativa de la Generalitat de Catalunya con la colaboración del Parque de Salud Mar de Barcelona y la Universidad Pompeu Fabra (UPF). Este centro es el heredero de una trayectoria en investigación epidemiológica ambiental fomentada inicialmente por la Unidad de Investigación Respiratoria y Ambiental (URRA) del IMIM.
En julio de 2006 empieza el traslado a las nuevas instalaciones del Parque de Investigación Biomédica de Barcelona (PRBB). El primer grupo en trasladarse fue el Grupo de Investigación en Informática Biomédica (GRIB) que se ubicaría en la cuarta planta del edificio. Esta parte del traslado, sobre todo la de los servidores informáticos fue de gran complejidad ya que se hizo sin dejar de ser operativos.
A mediados de octubre de 2006 se trasladaron todos los grupos de administración y dirección así como aquellos grupos de investigación sin laboratorio, es decir los grupos de investigación en Epidemiología. Esta segunda fase acabó a finales de octubre con la ubicación de estos grupos en la primera planta del nuevo centro.
En octubre de 2006 el Dr. Miguel López-Botet, catedrático de Inmunología de la Universidad Pompeu Fabra (UPF) y hasta entonces director de la Unidad de Investigación en Inmunopatología Molecular del Departamento de Ciencias Experimentales y de la Salud de la UPF, pasa a ser el nuevo director de la IMIM y nuevo director de investigación del IMAS.
Este año 2006 la Generalitat de Catalunya entra a formar parte del patronato de la Fundación IMIM.
En enero de 2007 empezó la última fase del traslado que acabaría en febrero con los grupos que si que disponían de laboratorios. Un punto delicado de esta fase fueron los congeladores de -80 º, ya que se trasladaron con las muestras dentro y las muestras de los congeladores de -20 º, que se llevó a cabo utilizando nieve carbónica y unos contenedores especiales para evitar su deterioro.
Gracias al trabajo de coordinación de los equipos de Servicios Generales, de los coordinadores de las Unidades de Investigación y de las empresas especializadas que colaboraron, el traslado fue todo un éxito.
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