Durante las últimas dos décadas de la historia de la investigación científica en el Hospital del Mar, el fortalecimiento de los vínculos entre la investigación en las ciencias de la salud y la función asistencial ha sido clave. Con el estreno de las nuevas instalaciones en el Parque de Investigación Biomédica de Barcelona, el IMIM creó sinergias con otros investigadores, en paralelo a la consolidación de la alianza estratégica del Hospital del Mar con la Universidad Pompeu Fabra.
En 2006, el Dr. Miguel López-Botet, catedrático de la Universidad Pompeu Fabra y presidente de la Sociedad Española de Inmunología y de la Society for Natural Immunity, era nombrado director del IMIM. Además de su vertiente investigadora, en su perfil destacaba su experiencia en el ámbito de la gestión. "El barco sale de puerto -afirmaba el nuevo director- y debemos garantizar que funcione y prepararlo para que las próximas tripulaciones que nos releven lo encuentren navegando". Con posterioridad, la investigación se reorganiza en cinco grandes programas dedicados al estudio del cáncer, la epidemiología y la salud pública, la informática biomédica, las neurociencias y los procesos inflamatorios y cardiovasculares. En 2013, el IMIM se convertía en un instituto de investigación sanitaria de ámbito estatal acreditado por el Instituto de Salud Carlos III del Ministerio de Ciencia e Innovación, un reconocimiento que consolidaba su prestigio institucional. Esta tipología de institutos se había creado para acreditar, precisamente, la solidez de la vinculación entre hospitales y universidades con la voluntad de garantizar una investigación traslacional de máxima calidad.
La internacionalización cada vez mayor de sus profesionales se fomentó con el establecimiento de nuevos convenios de colaboración con centros de todo el mundo y con la convocatoria de nuevas becas, como las Jordi Gras, para fomentar el espíritu investigador de los jóvenes médicos residentes.
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