• Busca persones
• Intranet

Notícies

04/02/2010 - Informació general

BIANA, un programari que integra les dades biològiques conegudes i és capaç d'inferir noves interaccions

El 27 de gener, la revista BMC Bioinformatics ha publicat un article sobre un nou programari desenvolupat pel Laboratori de Bioinformàtica Estructural, equip que dirigeix Baldomero Oliva, dins del Grup de Recerca en Informàtica Biomèdica (GRIB) del IMIM- UPF.

L'article " Biana: a software framework for compiling biological interactions and analyzing networks" descriu les possibilitats d'una nova eina al servei de la recerca que ofereix la novetat d'integrar les abundants dades biològiques disponibles fins ara, així com les seves relacions, en una sola prestació.

La interfície BIANA, acrònim de Biologic Interactions and Network Analysis, aplega múltiples fonts d'informació biològica i, allò que la fa encara més interessant és que l'eina és capaç d'inferir, a partir d'interaccions ja conegudes de proteïnes i gens, noves possibilitats d'interacció de biomolècules encara per descobrir. Un valor afegit de l'aplicació és que BIANA utilitza la interfície gràfica Cytoscape per visualitzar i gestionar de manera fàcil i interactiva les dades. Adicionalment, també es pot fer servir en un servidor juntament amb altres programes generats pel grup (http://sbi.imim.es/web/servers.php).

BIANA identifica noves estratègies per combatre malalties com l'Alzheimer o la diabetis

Les potencialitats d'aquesta nova eina bioinformàtica són molt àmplies. Per posar un exemple de les seves possibilitats, a través de BIANA, s'han pogut identificar en models animals proteïnes que intervenen alhora en malalties tant comunes i rellevants com ara l'Alzheimer i la diabetis i que poden ser dianes potencials per tractaments farmacològics.

BIANA permet crear xarxes d'interacció per a totes les proteïnes emmagatzemades en la seva base de dades amb independència de l'espècie de procedència i fent prediccions basades en homologia de seqüència o en dominis estructurals comuns. El resultat és la identificació de proteïnes susceptibles d'esdevenir bones dianes terapèutiques.

La principal característica d'aquesta plataforma és que unifica protocols i criteris d'anàlisis i d'informació provinent de les dades biològiques disponibles als investigadors que, fins al moment, es trobaven disperses en diferents bases de dades i sota nomenclatures diferents, la qual cosa les feia difícils d'identificar i d'estudiar.

BIANA és un producte accessible per a tots els investigadors, fàcil d'utilitzar i disponible sota llicència GNU General Public License GPL a http://sbi.imim.es/web/BIANA.php

Treball de referència:

Javier García-García, Emre Guney, Ramon Aragues, Joan Planas-Iglesias i Baldo Oliva (2010), " Biana: a software framework for compiling biological interactions and analyzing networks", BMC Bioinformatics 2010, 11:56doi:10.1186/1471-2105-11-56.

Totes les notícies