IMIM - Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques

Genòmica evolutiva Mar Albà

Tornar

GENÒMICA FUNCIONAL (Robert Castelo)

Al gener de 2002 i després de finalitzar el seu doctorat en informàtica a la Universitat de Utrecht (Països Baixos) Robert Castelo es va incorporar al GRIB com a professor ajudant LRU de la UPF, portant a terme la seva primera investigació postdoctoral en el laboratori de Bioinformàtica del genoma de Roderic Guigó. Al desembre del 2006, va rebre el contracte d'investigació Ramón i Cajal que concedeix el Ministeri Espanyol d'Educació i Ciència. Com a investigador independent dintre del grup de recerca UPF en Genòmica Computacional, ha iniciat en el GRIB el seu propi grup d'investigació en Genòmica Funcional que se centra, en termes generals, en el desenvolupament d'eines computacionals per una millor comprensió dels mecanismes biològics en el context del coneixement de l'estructura genòmica completa. Més concretament investiguem maneres en les quals les dades de microarray poden integrar-se amb dades de seqüència amb la finalitat de trobar llocs d'unió reguladors de diferents tipus i aproximar el control combinatori que exerceixen els diferents mecanismes reguladors. Al llarg de tot el període postdoctoral 2002-2007, Robert Castelo ha publicat 14 articles en revistes indexades ISI.

Les principals línies de recerca són:

1 . Enginyeria inversa de les xarxes de coexpressió del gen. El patró de la coexpressió entre els gens és una instantània del programa de regulació transcripcional que s'executa a través de les condicions experimentals que es mesuren en un experiment de microarray. Una forma d'explotar aquesta informació consisteix en recuperar la xarxa d'associacions de coexpressió entre els gens. Tanmateix, la majoria dels mètodes computacionals disponibles per a aquest propòsit infereixen relacions a parells que freqüentment no poden distingir entre associacions de coexpressió directes o indirectes. Els mètodes estadístics multivariants formarien l'opció natural per a superar aquesta limitació, però no poden aplicar-se les tècniques estàndards disponibles a causa de la dimensió específica de les dades de microarray, en els quals el nombre de gens investigats p és molt més gran que el nombre de les condicions experimentals n. Estem desenvolupant mètodes multivariants precisos i robusts que funcionin en aquesta circumstància amb p >> n i que ens permetran explotar més enllà l'actual abundància d'experiments de microarray per aproximar el complex control combinatori subjacent en la regulació transcripcional i posttranscripcional.

2. Identificació dels llocs d’unió funcionals. La identificació de llocs d’unió funcionals en seqüències de ADN/ARN constitueix un pas fonamental per a construir un model mecanístic detallat de qualsevol event concret de regulació transcripcional o posttranscripcional. Hem desenvolupat un mètode per a una predicció computacional més precisa dels llocs d’unió i ara estem treballant en la integració d’informació d’expressió de microarray amb aquests procediments computacionals, a través de la enginyeria inversa de xarxes de coexpressió, amb la finalitat d'aproximar un model més realista del control combinatori exercit pels mecanismes reguladors.

3. Evolució de les xarxes de coexpressió. Dos dels factors que expliquen una porció més gran de la variació de la tasa evolutiva dels gens és l'abast i el nivell de la seva expressió. No obstant, encara roman oberta la qüestió sobre quines són les forces selectives que actuen en l’expressió dels gens a través de l'evolució. Tanmateix, encara no es compren bé com evolucionen els programes reguladors i pistes per aproximar aquesta qüestió que donarien llum a altres qüestions importants i controvertides, com què és allò que ens fa humans. Creiem que podem contribuir a aquestes preguntes estudiant l’evolució de les xarxes de coexpressió, particularment explotant la nostra nova aproximació per recuperar aquestes xarxes a partir de dades de microarray.

Contacte: Robert Castelo, robert.castelo(ELIMINAR)@upf.edu, tel 93.316.05.14,  Fax 93.316.05.50

© Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques Nota legal | Política de cookies | Mapa web | Accessibilitat | Adreça / Accessos | Contacte