IMIM - Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques

Bioinformàtica estructural Baldomero Oliva

La modelització de proteïnes és una de les principals habilitats d’aquest grup. A més de la caracterització estructural d’una proteïna que ha estat modelitzada en 3D, estem treballant en el desenvolupament d’eines que puguin ajudar als modeladors, com la classificació de bucles de proteïnes en diferents conjunts de dades sobre proteïnes i la descripció de motius de proteïna implicats en firmes funcionals o plegabilitat. Així mateix, l’estructura del gen resulta important a l’hora de descriure els dominis i motius proteics.

En aquests moments estem intentant desenvolupar eines per relacionar els motius estructurals i funcionals amb la informació genòmica sobre llocs de splicing i splicing alternatiu. La descripció de la funció per mitjà de les relacions seqüencials/estructurals és un repte per a l’era postgenòmica en què les iniciatives de la Genòmica Estructural identifiquen la conformació de proteïnes abans que s’hagi aconseguit el coneixement de la funció.

L’extracció de dades de les bases de dades estructurals i seqüencials permet que bioinformàtics i biòlegs computacionals puguin desenvolupar estratègies de predicció. El propòsit d’aquest grup consisteix en profunditzar en la caracterització de les propietats conformacionals amb la finalitat d’aconseguir aquestes prediccions. Utilitzem moltes estratègies per a obtenir aquesta caracterització, la qual destinem a una millor comprensió dels principals problemes biològics.

En la majoria de processos cel·lulars, la formació de complexos de proteïnes permet l’organització del proteoma en unitats funcionals bàsiques per la funció cel·lular. Per això, un altre dels objetius del nostre grup consisteix a desenvolupar eines bioinformàtiques per tal de predir les interaccions de proteïna-proteïna així com analitzar dades de proteïnes a nivell genòmic. Això permetrà la identificació dels elements involucrats en les xarxes complexes de proteïnes funcionals dins de les cèl·lules. El desenvolupament dels programes de predicció es basarà en els conjunts de dades experimentals obtingudes a partir de mecanismes de transducció de la senyal intracel·lular. En les cèl·lules eucariòtiques, els estímuls extracel·lulars es transmeten a la cèl·lula mitjançant xarxes complexes d’interacció de proteïnes, denominades cascades de quinases MAP, els mecanismes del qual de regulació i complexitat estructural es comencen a comprendre ara. No obstant, encara es necessari seguir investigant sobre les relacions intrínseques entre aquests elements, necessaris per la correcta funcionalitat cel·lular. Estem treballant en el desenvolupament de software per a caracteritzar i predir xarxes de interacció de proteïnes, especialment aquelles involucrades en els mecanismes de transducció de senyals de quinasa MAP.

Les metodologies que el grup ha utilizat i desenvolupat són les que segueixen:

  • Modelització comparativa
  • Descripció estructural i classificacions topològiques
  • Enfocaments d’autoaprenentatge automàtic
  • Mètodes d’alineació de seqüència i estructura
  • Simulacions de dinàmica molecular

S’utilitzen aquests mètodes en les següents àrees:

  • Predicció del plegament
  • Acoblament de proteïnes
  • Predicció i anotació funcional
  • Descripció de les propietats dinàmiques de les biomolècules

Contacte

Coordinador:
Baldomero Oliva(ELIMINAR)

Tel:
93 316 05 09

Fax:
93 316 05 50

Doctor Aiguader, 88
08003 Barcelona

Vincles relacionats

© Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques Nota legal | Política de cookies | Mapa web | Accessibilitat | Adreça / Accessos | Contacte